O Programa Pedagogia da Floresta estimula o “ser gente” a aprender o “ser Floresta”, pautado pela diversidade de seus povos, suas histórias, culturas e seu modo de se relacionar com o mundo. Dessa forma, pretende estabelecer uma comunidade de aprendizagem que funcione como vetor da construção de uma sociedade sustentável na Amazônia. Como premissa, todo conhecimento produzido por outros projetos da Casa do Rio deve circular pelo território, permitindo que tecnologias sociais sejam desenvolvidas, estimulando a criação de políticas públicas, a melhoria da qualidade de vida, a manutenção dos modos de vida das populações da floresta e a conservação da sociobiodiversidade da Amazônia. Neste programa são desenvolvidos projetos que visam a melhoria da qualidade da educação no território e o incentivo e estímulo de novas metodologias de ensino baseadas na valorização do saber, dos modos de vida das populações originais, da sociobiodiversidade, envolvendo nos processos educadores, comunitários, crianças, jovens e adolescentes.